中頭病院呼吸器外科は2008年4月に開設されました。現在は指導医1人ですが、外科の一員として合同でチームを組み手術を行っています。近い将来、3人から4人の呼吸器外科チームができれば、さらに手術件数も増加すると思われます。
呼吸器外科が対応可能な疾患は肺癌、気胸、巨大肺嚢胞、肺良性疾患、（過誤腫、結核腫、肺分画症、肺動静脈瘻など）、転移性肺腫瘍、良性縦隔腫瘍（胸腺腫、成熟奇形腫、神経鞘腫など）、転移性肺腫瘍、急性・慢性膿胸、手掌多汗症、胸壁腫瘍、重症筋無力症など多岐にわたり、ほとんどすべての呼吸器外科疾患に対応しています。
2009年度は肺癌に対する開胸下右上葉スリーブ切除術（気管支形成術）、重症筋無力症に対する胸腔鏡下拡大胸腺摘出術などの難易度の高い手術にも成功しています。さらに、ERとの連携により交通外傷、転落外傷などの胸部外科緊急手術も行っています。
